De acuerdo a los estatutos del Sindicato Único del Personal Académico de la Universidad Autónoma de Querétaro la Asamblea del SUPAUAQ se define como:

La Asamblea General será la máxima autoridad del SUPAUAQ y estará constituida por todos los miembros afiliados al SUPAUAQ que tengan la categoría de SOCIOS ACTIVOS.

La Asamblea General se reunirá en forma ordinaria al comenzar cada ciclo académico, en la fecha, lugar y conforme al orden del día que establezca el Consejo Consultivo. Y en forma extraordinaria, cuando las circunstancias así lo ameriten previa convocatoria del Consejo Consultivo o del Comité Ejecutivo.

En todos los casos, la Asamblea General se sujetará a las disposiciones contenidas en el capítulo de "Asambleas".

Son Facultades de la asamblea:

a) Elegir a los miembros del Comité Ejecutivo y de las Comisiones autónomas y Comisiones Especiales.

b) Deliberar y resolver sobre el informe anual del Comité Ejecutivo, de las Comisiones Autónomas y de las Comisiones Especiales.

c) Deliberar y resolver acerca de las modificaciones al Contrato Colectivo de Trabajo, a los Estatutos Generales, a las disposiciones escalafonarias y a las demás normas del SUPAUAQ que sean presentadas por los distintos órganos de gobierno.

d) Aprobar el informe anual del Tesorero o en su caso solicitar una auditoria a personas competentes si no estuviese de acuerdo con las cuentas rendidas.

e) Modificar las cuotas ordinarias y dar lineamientos para el establecimiento de las extraordinarias.

f) Dictar la política general, interior y exterior del SUPAUAQ aprobar las transformaciones necesarias de éste, así como las asociaciones del SUPAUAQ con otras organizaciones gremiales.

g) Deliberar y resolver, previo dictamen de algún miembro de la Comisión de Honor y Justicia, sobre la separación definitiva de algún miembro del sindicato.

h) Escuchar y resolver aquellas cuestiones generales que afecten la marcha normal del sindicato.